De acordo com a entrada BENFICA (Sítio de ), no Dicionário de História de Lisboa (Lisboa: Carlos Quintas & Associados - Consultores, Lda., 1994), « Benfica surge como aldeia desde o séc. XIII, em redor da igreja primitiva de N. S. do Amparo. Próximo do actual Sete Rios, instalaram-se em 1399 os dominicanos, nos paços reais doados pelo Rei D. João I. Havia, assim, como que dois pólos na freguesia de Benfica e, para distinguir a zona dos paços reais e depois do convento dominicano, esta vai surgir referida como Benfica-a-Nova, ou Benfica de Baixo. O crescente povoamento da região ao longo dos tempos deu origem ao aparecimento de novos lugares: Calhariz no séc. XIV, Cruz da Pedra no séc. XVI e, entre estes dois pontos da espinha dorsal que era a Estrada de Benfica, surgiram mais tarde outros núcleos».

A data precisa da criação da freguesia permanece por averiguar, mas é de supor que se tenha estruturado logo nos primeiros tempos da Reconquista, tal como sucedeu com a maioria das igrejas paroquias com a invocação de Santa Maria. A mais antiga referencia, conhecida, a Santa Maria de Benfica, consta do testamento de D. Maria de Anboím, datado de 1337.