As Rua Nova da Alfândega e a Rua da Ribeira Velha passaram a constituir um único arruamento, com a denominação de Rua da Alfândega, por edital do Governo Civil de Lisboa de 1 de setembro de 1859, em razão do edifício da Alfândega que ocupava todo o lado sul desta Rua, uma construção pombalina posterior ao terramoto de 1755 que veio substituir a alfândega quinhentista que se situava aproximadamente onde hoje confluem as Ruas do Comércio e da Madalena.
De acordo com o olisipógrafo Luís Pastor de Macedo, este arruamento em 1552 era a Rua do Terreiro Novo referida por João Brandão na sua «Estatística de Lisboa de 1552», passando por volta de 1554 a Rua do Terreiro do Trigo conforme aparece no «Sumário» de Cristóvão de Oliveira e depois, em atenção ao edifício da Misericórdia “que para a rua deixava também cair um dos seus lados” foi sendo sucessivamente a Rua da Misericórdia de Baixo (1688), Rua Direita da Misericórdia (1720) e a partir de 1755, Rua da Misericórdia da parte do terreiro e Rua da Porta do Terreiro.
Aliás, ainda de acordo com este olisipógrafo, a partir de 1755 a parte oriental da rua era a Ribeira Velha que só em 1836 aparece como Rua da Ribeira Velha, enquanto a parte compreendida entre o Terreiro do Paço e a Rua dos Arameiros foi denominada como Rua Direita da Misericórdia (1766), Rua da Misericórdia de Baixo (1780), Rua dos Freires da parte de baixo (1787), Rua da Conceição dos Freires da parte do mar (1799) e Rua Nova da Alfândega (1806).
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