A Avenida São João de Deus foi um topónimo atribuído por Edital municipal de 23/09/1950, ao arruamento ao longo do Caminho-de-ferro, lado Sul, do plano de urbanização da zona compreendida entre a Alameda Dom Afonso Henriques e a linha férrea de cintura, situado entre a Rua Alves Torgo e a Avenida de Roma.

O topónimo advém da Igreja de São Deus, projetada pelo Arq. António Lino em 1949 e inaugurada no dia 8 de Março de 1953 – dia de São João de Deus – na Praça de Londres, no sítio onde outrora fora a vacaria de João do Outeiro. A sua construção foi financiada sobretudo pelas compensações da expropriação e demolição da Igreja de Nossa Senhora do Socorro no Martim Moniz. Refira-se que a freguesia de São João de Deus, com território destacado da freguesia de São Sebastião da Pedreira, também foi criada em 8 de Março de 1953.

São João de Deus foi o nome dado ao português João Cidade (Montemor-o-Novo/08.03.1495 – 08.03.1550/Granada) que fundou a Ordem Hospitaleira em 1539 em Granada – a qual veio para Portugal a partir de 1606 – dedicada à assistência aos pobres e doentes.
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